研发费用加计扣除与高新企业认定之间存在着这样的辩证关系：能加计扣除的企业不一定是高新技术企业，但高新技术企业必然有研发费加计扣除项目。
由于高新企业同时享受加计扣除的优惠，两者的归集口径容易就混淆了。高新技术企业的研发费用范围一般大于研发费加计扣除的范围。
比如说折旧费，对于建筑物的折旧费不能加计扣除，而高新可以。对于经营租赁费加计扣除只允许用于研发的仪器、设备租赁费，厂房不可以加计，而高新可以。
高新研发费用包括装备调试费用，田间实施费，加计扣除不包括。高新研发费用包括通讯费，加计扣除也不包括。委托研发的，高新包括委托境内外研发，而加计扣除只能是委托境内机构或个人。其他相关费用高新规定不得超过研究开发总费用的20%，而加计扣除规定是不得超过10%。
高新的研发费用口径不包括职工福利费，补充养老和补充医疗保险，而研发费用加计扣除可以。对研发人员的定义，高新研发费用只要是企业科技人员都可归集，加计扣除必须是直接从事研发活动的人员。不过，对科技人员，高新要求累计实际工作时间在183天以上，而加计扣除没有这个要求。
共有8个不同点
一、研发活动及研发费用归集范围
允许加计扣除的研发费用。
企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，按照本年度实际发生额的50%，从本年度应纳税所得额中扣除;形成无形资产的，按照无形资产成本的150%在税前摊销。研发费用的具体范围包括：
1
人员人工费用
直接从事研发活动人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘研发人员的劳务费用。
2
直接投入费用
(1)研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。
(2)用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费。
(3)用于研发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备租赁费。
3
折旧费用
用于研发活动的仪器、设备的折旧费。
4
无形资产摊销
用于研发活动的软件、专利权、非专利技术(包括许可证、专有技术、设计和计算方法等)的摊销费用。
5
新品设计费用
新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费。
6
其他相关费用
与研发活动直接相关的其他费用，如技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、分析、评议、论证、鉴定、评审、评估、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，差旅费、会议费等。此项费用总额不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。
7
财政部和税务总局规定的其他费用
二、研发费用补贴申报标准
1.在深圳市依法注册、具有独立法人资格的企业，或深汕特别合作区内的深圳企业;
2.按照国家税务总局《关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》(国家税务总局公告2015年第97号)要求对研发费用进行归集并设置辅助账;
3.销售收入2000万元及以上的企业应建立了内部研发机构;
4.企业开展的研发活动应符合《国家重点支持的高新技术领域》所规定的范围。
很多做了加计扣除的企业、或者做了国高的企业均未享受到研发资助。具体原因存在几种情况：
一、办理了加计扣除优惠备案的企业
1.没有填报科技统计报表的企业。将取消今年的资助资格。做好明年的填报工作，可享受明年的研究开发资助;
2.填报了科技统计报表的企业。但由于企业填报质量问题，导致国家统计局核定的研发投入为0，没有研发机构。请企业认真查找原因，找不到原因的，请与统计部门联系，帮助查找，明年填报时认真整改。否则，将会影响明年的资助。
3.连续两年存在科创委的数据与报国家统计报表数据误差超出正常范围的企业。市科创委将与市统计局相商进行处理。
二、未办理加计扣除优惠备案的企业
待评审结束后，公布结果。(申报企业必须办理加计扣除优惠备案，以在税务部门备案的研发支出数计算资助金额。)
